Στις 13 Σεπτεμβρίου 2012 συνήφθη Συμφωνία Εξυγίανσης, κατά την έννοια του ν. 3588/2007, μεταξύ της ΝΕΛ και των πιστωτών της MILLENNIUM BANK και ANTELOPE SHIPPING INC, οι οποίοι εκπροσωπούν τουλάχιστον το 62,5% των συνόλου των πιστωτών της και το 75% των εμπραγμάτως ασφαλισμένων πιστωτών.
Η συμφωνία υπεβλήθη προς έγκριση στο Πολυμελές Πρωτοδικείο Μυτιλήνης την 18.9.2012, οπότε και με προσωρινή διαταγή χορηγήθηκαν τα προβλεπόμενα από το νόμο προληπτικά μέτρα. Η υπόθεση συζητήθηκε ενώπιον του Δικαστηρίου στις 5 και 9 Οκτωβρίου 2012, οπότε και παρετάθη η άνω προσωρινή διαταγή και επεκτάθηκαν τα προληπτικά μέτρα και στην θυγατρική εταιρεία ΣΙ-ΛΙΝΚ ΦΕΡΡΙΣ N.Ε. Κατά την ακροαματική διαδικασία δηλώθηκε και η προσχώρηση της τράπεζας FB BANK στην Συμφωνία Εξυγίανσης, ανεβάζοντας έτσι τα ποσοστά των συμβαλλομένων πιστωτών σε 75%, επί του συνόλου και στο 99% των εμπραγμάτως ασφαλισμένων.
Το περιεχόμενο της συμφωνίας εξυγίανσης προβλέπει συνοπτικά τα εξής:
Οι εργαζόμενοι θα λάβουν το σύνολο των δεδουλευμένων τους. Το Δημόσιο, τα Ν.Π.Δ.Δ., οι ασφαλιστικοί οργανισμοί θα λάβουν το σύνολο των κατά κεφάλαιο απαιτήσεών τους με μεσοπρόθεσμη αποπληρωμή. Οι τράπεζες Millennium και FBB θα λάβουν περίπου το 20% των απαιτήσεών τους, με μακροχρόνια αποπληρωμή. Οι πιστωτές Millennium και FBB έχουν το δικαίωμα, αντί της οφειλής όπως αυτή περιορίζεται με τη Συμφωνία Εξυγίανσης, να ζητήσουν να τους μεταβιβαστούν πλοία της εταιρείας επί των οποίων ήδη έχουν προτιμώμενες ναυτικές υποθήκες.
Σε περίπτωση που ασκηθεί το δικαίωμα αυτό η εταιρεία εκτιμά ότι θα μπορέσει να αντικαταστήσει τα πλοία αυτά με ναυλωμένα πλοία, χωρίς να επηρεαστεί αρνητικά η εκτέλεση των εργασιών της καθώς και το λειτουργικό της κόστος. Οι υπόλοιποι πιστωτές (προμηθευτές κλπ) θα λάβουν το 20% των απαιτήσεών τους σε 48 μηνιαίες δόσεις. Οι τράπεζες και οι λοιποί πιστωτές μπορούν αντί της μειώσεως και ρυθμίσεως των απαιτήσεών τους να ζητήσουν την κεφαλαιοποίηση των συνολικών απαιτήσεών τους με την έκδοση νέων μετοχών και με τιμή διαθέσεως ίση με την ονομαστική αξία της μετοχής. Οι απαιτήσεις των μετόχων της εταιρείας διαγράφονται οριστικά, ενώ επίδικες απαιτήσεις θα ικανοποιηθούν σε ποσοστό 20% και σε 36 μηνιαίες δόσεις από τη λήξη της επιδικίας. Στη συμφωνία προβλέπεται και η πιθανότητα συμμετοχής της ήδη μετόχου ALTANA NAVIGATION LTD σε αύξηση του μετοχικού κεφαλαίου μέχρι το ποσό € 1.000.000€ καθώς και η μεταβίβαση προς αυτήν, στο πλαίσιο του σχεδίου εξυγίανσης, των μετοχών των εταιρειών ANTELOPE SHIPPING INC, ERCOLANA HOLDINGS LTD και ISFI- SQUARE FUND .
Η εκτίμηση της Διοίκησης είναι ότι η Συμφωνία Εξυγίανσης συνιστά θετική εξέλιξη που διασφαλίζει την βιωσιμότητα της εταιρείας κατά την περίοδο της έντονης οικονομικής κρίσης που διανύει η Ελλάδα. Με τη συμφωνία εκτιμάται ότι θα επιτευχθεί μείωση των υποχρεώσεων της εταιρείας κατά ποσό € 132.000.000 περίπου. Το χρηματοοικονομικό κόστος της εταιρείας εκτιμάται ότι θα μειωθεί περίπου κατά ποσό € 4.500.000 ετησίως. Σύμφωνα με το επιχειρηματικό σχέδιο που συνοδεύει την Συμφωνία Εξυγίανσης, προβλέπεται συνέχιση της προσπάθειας της εταιρείας για περιορισμό του λειτουργικού της κόστους, με μείωση των υπό εκμετάλλευση πλοίων και γραμμών, επικέντρωση της στην εκτέλεση των συμβάσεων δημόσιας υπηρεσίας και στη γραμμή Πειραιά – Χίου - Μυτιλήνης και επανασχεδιασμό των διατηρουμένων γραμμών.